1956年，为响应党中央“向科学进军” 的号召，学校成立科学研究部，设主任一名，副主任二名。

　　1978年，国家恢复了因“文革”而中断了12年的研究生教育，全国计划招生8986人，我校当年招收研究生18名。

　　1981年，国家颁布《中华人民共和国学位条例》，实施学位制度，我校森林生态学和造林学首批被批准为2个博士学位授予学科，硕士学位授予权学科9个(森林生态学、造林学、林产化学加工、植物学、森林保护、木材加工及人造板工艺、林木遗传育种、林业与木工机械、森林经理学)。

　　l985年，我校开始招收第一批博士生。期间，学校先后制订了一整套研究生培养管理制度，对研究生招生、学籍管理、培养(培养方案、课程建设)、毕业论文、学位授予进行了明确规定，编印了《南京林业大学研究生手册》，为我校研究生教育及人才培养进行了制度规范。

　　1986年，学校成立研究生处，负责研究生的业务工作，开始了我校研究生教育的重要发展期。

　　1988年，因研究生教育管理需要，研究生处调整为研究生部。

　　1988年，我校生态学、木材加工与人造板工艺、林产化学加工3个学科入选国家级重点学科。

　　1990年，植物学、林木遗传育种被林业部授予部级重点学科。

　　1994年，林木遗传育种、造林学被江苏省教委授予江苏省重点学科。

　　1995年，经原林业部批准，我校接收外国来华留学生。

　　1997年，我校在职的教授有95人，副教授230人，国内外兼职教授60人，其中有工程院院士2人，十余名教授先后担任国务院学位委员会学科评议组成员。在校研究生数已达到274名，其中博士生101名，硕士生173名。

　　2003年，因招生规模和管理工作需要，研究生部调整为研究生院。

　　2020年，我校具有高级职称师资700余人，博士生导师181人，其中中国工程院院士3人，外聘院士8人，国务院学位委员会学科评议组成员4人。在校各类研究生7000余人，其中博士生850人，科学硕士生1700余人，全日制专业学位研究生1400余人，非全日制专业学位研究生3000余人。

　　截止到2020年，我校共授予博士学位1267，硕士学位11663(学硕1978年开始招生授予学位7576，全日制专硕2009年开始招生授予学位2368，在职专硕及同等学力1719)。